srand(time(0)); slouží práve k tomu, co potřebuješ.

Do algoritmu, který generuje "rádoby" náhodná čísla zasadí seed (čti číslo).
Tím, že používáš time si zajistíš, že pokud zacoláš tuto funkci na začátku programu, tak bude generovat náhodná čísla.
Dva programy takové programy by tak generovaly náhodná čísla pouze, kdybys je spustil přesně ve stejný čas.