To se těžko radí, když ani nenapíšeš do jakého programu. A co ti nejde? A záznam tras je v gpx? Z jakého zařízení/programu.

Soubory gpx jsou XML soubory a jde je spojit (spojují se jen opakující tagy, v mém případě <wpt>)

struktura vypadá nějak takro
<xml><gpx><metadata><wpt /><wpt /><wpt />...</gpx>