Do panelu spustit [setup.exe /i "D:\DISK1\MSDE\" /settings setup.ini] (bez závorek) a znova sem to smahnul s upravenym souborem setup.ini:
[Options]
DATADIR ="C:\MSDE\data"
INSTANCENAME="MSDE"
Potom sem zkusil vymazávat adresáře, až to skončilo registrem.