Máš mít zapnutý ten sata mód jako jsi měl předtím. Nebo jsi i přeinstalovával Windows?
Co je lepší, nelze podle mě takto zvenku určit. To, co tvému hardwaru vyhovuje.

Jsi si jistý, že chování HandBrake je důsledkem změn BIOSu? Nezkoušel jsi jej odinstalovat, kompletně promazat adresář a registry a instalovat znova? Podívej se předtím na záložky nastavení či pressety, zda se ti tam něco nezměnilo. Doma používám starší verzi HandBrake, 0.9.5, novější mi nesedla, spokojenost, dělá co chci (převod homevidea z *m2t do *mkv).