pridas si string.h do include
a prerobis to nejak takto:

int naslo;

while((znak=getc(fr))!=EOF)
{
naslo = 0;
for(i=0;i<strlen(samohlasky);i++)
{
if(znak==samohlasky[i])
{
fprintf(fw1,"%c",znak);
naslo = 1
break;
}
}

if (naslo == 1) {
continue;
}

for(i=0;i<strlen(spoluhlasky);i++)
{
if(znak==spoluhlasky[i])
{
fprintf(fw2,"%c",znak);
naslo = 1;
break;
}

if (naslo == 1) {
continue;
}

fprintf(fw3, "%c", znak);

}