Výhody NTFS oproti FAT32:
- není omezena valikost souboru
- podpora zabezečení - přístupová práva na úrovni souborového systému
- podpora komprese
- podpora šifrování
- lepší zotavování se - obsahuje žurnál
- není omezena velikost disku

Nevýhody NTFS:
- pokud dojde k skutečně velkým problémům (zatím jsem se s tím nesetkal), je obtížnější data z disku dostat

V současné době bych pro Windows 2000 a novější voll jednoznačně NTFS