Na flashdisku nemusíš mít NTFS. Na každém disku můžeš mít jiný souborový systém.

S NTFS se nedá pracovat jako s FAT32. Dá se s ním pracovat jako s NTFS. Ale jestli myslíš jestli můžeš otevírat /ukládat soubory, prostě dělat běžné operace, tak jako doteď, pak ano, nepoznáš rozdíl.

Pokud budeš mít systémový disk v NTFS, můžeš se přihlásit jako uživatel s omezeným účtem. Takový pak nebude moci zapisovat do adresářů Windows, protože na NTFS právech je nastaveno ve výchozím stavu, že to může pouze administrátor. To je bezpečnostní VÝHODA. Pokud spustíš nějaký virus, nebude se moci zapsat do systémových souborů a nic systému neudělá.