Jak dlouho to potrvá ti nikdo neodhadne. Chce to trpělivost. Doporučuji počteníčko http://support.microsoft.com/kb/307881, tam je i řešení možných problémů.

Konvertovat disk zpět na FAT jde obtížně a nejspolehlivější cesta je data zálohovat a disk formátovat. Nebo použít za chodu mírně nespolehlivý Partition Magic.

Ale pokud může nastat "nouze", tak jediná nouze může být výpadek proudu a následný nepoužitelný filesystém. Pokud už máš disk převedený na NTFS, nouze nebude:) Případně se může stát chyba při převodu, což je častá vada Partition Magic (příkaz CONVERT tím netrpí). Proto je lepší důležitá data zálohovat.