Řekl bych ze ta FAT32 je použita jen kvůli obnově přes recovery tlačítko nebo cdčko. Naběhne něco jako ghost a přesype se image disku. Pak sem viděl jak jednou jak ten recovery proces kopíruje další věci jako hotfixy a programy rovnou na C: kde se při prvním startu nového windows spustí. Samozřejmě každej výrobce má jinej recovery systém ale řekl bych že je to jen kvůli tomu...
Pochopitelně by to šlo udělat i v ntfs ale asi by se nedal použít freedos a podobně.