Nevím jak to máš, ale mě to funguje:

<input type="text" id="cas" value="">
<script>
function naplnCas (){
var datum = new Date();
aktualniCas = datum.getHours() + "." + datum.getMinutes() + ":" + datum.getSeconds();
window.document.getElementById("cas").value = aktualniCas;
}
naplnCas();
window.setInterval("naplnCas()", 1000);
window.document.getElementById("cas").value = aktualniCas;
</script>