Zkus Firefox v nouzáku. Tím na 95% potvrdíš/vyloučíš, že za to můžou doplňky. Ghostery jsem kdysi zkoušel, ale byly s ním potíže - ovlivňoval Firefox (detaily už nevím). Novým profilem nic nepokazíš, vše důležité lze přenést z toho starého. Filtry Adblocku jdou taky zálohovat.

Na trojany klasiku: SuperAntispyware nebo MBAM (nevím, jestli jsou i na Linux, jinak něco na Linux ).