Po prvním cyklu while, jak tam počítáš čísla dej rewind(fr); aby se ukazatel vrátil na začátek souboru.
Ve druhém cyklu while nepoužívej getc, ale jen fscanf. Ten by měl vrátit nulu, jak narazí na konec souboru. Nebo testuj konec souboru pomocí feof.
http://www.cplusplus.com/reference/cstdio/feof/?kw =feof
Např. můžeš použít do while:

do
{
  fscanf(fr,"%d",&p_pole[j]);
  j++;
}while(feof(fr) == 0)