Určitě je to dobré. Z několika důvodů. Třeba proto, protože na jeden disk (oddíl) dáš systém a programy a na druhý data. V případě náhle vzniknuvší potřeby reinstalace systému nemusíš formátovat vše a řešit, kam s daty (zajisté zálohovanými), nahrávat je zase zpátky. Je to taky přehlednější.
Na rychlost to vliv nemá a jestli nějaký, tak naprosto zanedbatelný.