Filezillu neznám a ostatně FTP server třetí strany bych nepoužíval vůbec , i když je to oblíbená praktika většiny Windows adminů, sám jsem příznivcem IIS FTP nebo WebDav. Respektive to co bych udělal je, že bych se naučil jak s Windows SMB sdílením, v LAN je FTP server zbytečný..

Velikost kvóty pro IIS FTP se řídí NTFS kvótami na disku, jsou-li definovány. Nevím o příkazu FTP klienta, který by je dokázal vyzjistit, ale možná mi jen něco uniklo. Co se týče filezilly, netuším jak si řídí kvóty a přístupy, zkus dokumentaci má-li.