No a v Avidemuxu nenastavuješ formát a jeho parametry? Samotné přehazování mezi kontejnery nezmenší objem. To je jak dát kotouč filmu z jedné krabice do druhé. Je možné, že Format Factory ti to přednastavil sám, ale pokud chceš používat Avidemux, tak tam si formáty vybereš a nastavíš ty. Kdybys napsal, co jsou zač ty zdrojové videa, tak bych ti doporučil nějaké nastavení. Ale zatím není známo nic.