pokud chceš mít dva systémy kvůli záloze nebo opravitelnosti, v tom ti různé virtual pc nijak nepomůžou, potřebuješ dualboot nebo boot manager.
když netrváš na tom, že se po startu budou oba systémy tvářit jako c:, stačil by dualboot jen pomocí boot.ini z windows.
ale když už máš dva disky, přímo se nabízí použít boot manager pro druhý systém na druhém disku: po nehodě se dá zvolit označením správného oddílu (active) start z funkčního disku a bude to fungovat.

před dalšími instalacemi doporučuju nejdřív uklidit:
- pojmenovat si všechny logické disky
- nabootovat do nějakého grafického partition manageru (partition magic, partition expert / disk director - něco z toho nedávno vyšlo v časopisech, nebo se zkus zeptat děcek)
- pokud se objeví skryté oddíly / bez dat / nepojmenované - a víš že tam nemají co dělat, smaž je.

normální instalace systému vypadá tak, že máš primární oddíl 10-20gb pro systém (zároveň je bootvací=active), za ním druhý oddíl ze zbytku disku pro data.
- řekněme že už v nějakém stavu máš xp, a chybí doinstalovat druhý systém na druhý disk, a ještě někde na jeho konci bude boot manager.
- ve win koukneš na druhý disk na kterém není systém, pokud jsou na něm nějaká data blbosti smažeš a zbytek přeházíš na první disk.
- od dětí / z cd přílohy časopisu vyptáš nějaký partition manager, nabootuješ z něj a zrušíš všechno na druhém disku. je uklizeno.
- vytvoříš asi 10gb primary oddíl pro w2000 (20gb pro xp), raději formát ntfs, na konci disku si uděláš 50mb další primary oddíl s fat16. volné místo mezi nimi bude pro data: primary nebo logical, ntfs. všechny nové oddíly si pojmenuj.
- jestli se má i budoucí druhý systém po svém startu tvářit jako c:, vytáhnul bych teď kabel od prvního disku, ať se detekuje jen druhý disk
- nabootuj z instalačního cd od win 2000/xp, nainstaluj do místa pro nový disk celý druhý systém.
- až bude všechno hotovo, vrať kabel prvního disku
- a hned nabootuj z instalačního cd/fdd pro boot manager. ten nainstaluj do vyčleněného oddílu na konci druhého disku. nech detekovat / ručně přidat tvé nainstalované systémy.
- restart

pokud se podaří některý systém zničit tak že bude potřeba použít fixmbr / fixboot, pozor na verzi win + servicepacku který použiješ, a na který disk ho pustíš.