poškozené asociace .exe? nepíšeš co to hlásí nebo jak se to chová.
průzkumník (explorer.exe) ti asi běží, i prohlížeč se možná spouští, jinak bys tu nepsal.
pak to vypadá na zavirovaný pc - tvůj neznámý fixit zřejmě opraví asociace, ale neodstraňuje vir.

můžeš c:\windows\regedit.exe zkopírovat na regedit.com, ten spustit a zkontrolovat:

[HKEY_CLASSES_ROOT\.exe]
@="exefile" ........ "výchozí"

[HKEY_CLASSES_ROOT\exefile\shell\open\command]
@="\"%1\" %*"

[HKEY_CLASSES_ROOT\exefile\shell\runas\command]
@="\"%1\" %*"

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]
...co všechno se spouští po startu pc

[HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]
...co všechno se spouští po startu tobě

a ještě zbývají zástupci na disku v adresářích "po spuštění", co je tam za bordel:

C:\Users\%username%\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
a pro všechny uživatele:
C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup

(kdyby nešel spustit msconfig.exe)