Nevím, jestli je zrovna moudré se pouštět do přeinstalace Windows, když sám ani nevíš, jestli ti tam půjdou...

Půjdou. Disk si vyber podle rychlosti a podle toho, kam si to nainstalovat chceš. Dalo by se předpokládat, že "nové" HDD bude rychlejší, než "staré" a tak je to lepší na to "nové".
Vzhledem k tomu, že jsi HDD nespecifikoval, nejde to víc upřesnit a je to odhad.

Pokud budeš instalovat, nezapomeň si před tím provést zálohu (kterou předpokládám děláš pravidelně, ale jednu udělat těsně před instalací) a nezapomeň pro Win vytvořit vlastní oddíl, ať až si zase rozmyslíš, že chceš jiný systém to můžeš přeinstalovat rychle a pohodlně.