Rozdiely sú zanedbateľné, takže predpokladám, že si použil veľmi malú vzorku testovacích dát. Ak to myslíš s benchmarkovaním vážne, tak tá Java by tam nemala čo robiť.

V reálnom prostredí (viac dát) by som pri vkladaní riadkov očakával najvyšší rozdiel v réžii na úpravu indexu, čo je pri AUTO_INCREMENT jednoduchšie ako pri náhodnom UUID. Ďalšia vec je, že v praxi sa nestretneš s tabuľkou, do ktorej by si tak často vkladal riadky cez obyčajný INSERT.

Pri čítaní tam teraz nemáš prakticky žiaden rozdiel. Opäť, pri väčšom počte riadkov by som očakával, že sa prejaví rozdiel v indexovaní 16-bajtového poľa oproti 4-bajtovému (prípadne 8-bajtovému).

Hlavný dôvod, prečo nepoužiť UUID, je to, že je to veľmi nepraktické.