Pomocí např. FileZilla by mělo být možné synchronizovat zvolený adresář s adresářem na FTP

https://www.google.cz/#q=ftp+synchronize

Pokud by adresář byl na našem počítači, byli bychom hotovi. Jinak jej vysdílíme a z našeho připojíme.
Přímo bychom spravovali adresář ve Windows a synchronizace by zajistila zracadlovou odezvu na FTP serveru.

Nezkoušel jsem to, ale nevidím nic nepřekonatelného.