Prečítaj si dokumentáciu k funkciám feof a fgets, aby si ich používal správne. Pretože kým si nenačítal koniec súboru cez fgets, tak feof ti vráti FALSE. Ten kód by mohol vyzerať skôr nejako takto (nepotrebuješ ani použiť feof):
while (($radek = fgets($soubor, 5000)) !== FALSE) {
...
}