Rozdíl je podstatný.
Když jen mažeš, musíš vědět, kde všude a co smazat - program files, data v profilu, data ve společném APP data, knihovny, které si aplikace nahrála do systémových adresářů

Odinstalace mimo promazání adresářů provede odregistraci knihoven v registru a jejich smazání, provede smazání i dalších zápisů v registru. Tohle ti CCleaner neudělá, protože o tom neví.