ten externí disk tam byl i při instalaci windows? s primárním oddílem, že jo? asi jsi zmátl bootloader.
můžeš zkusit postup podle "BryanLockwood":
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc70966 7%28v=ws.10%29.aspx#7
aha, windows8 - ty je nejlepší přeformátovat sedmičkami.