antivirové boot cd je ideální k odstranění rootkitu:
http://pc.poradna.net/q/view/1248434-cinske-znaky- pri-rozjeti-pc?page=r1248540#r1248540

vir se ti zřejmě po startu teprve znovu sestaví nebo se stáhne z netu, na což hloupější antivir nepřijde.
kontrola startup položek (třeba přes msconfig.exe nebo normálnější autoruns), kontrola doplňků v zavirovaném prohlížeči (třeba adwcleaner).