bych řek že ten počet souborů zpomaluje přístup do té složky (kdysi se ještě říkalo do adresáře). smaž to a neřeš.

udělej si startovní batku, která ti po zapnutí pc zjistí zabrané místo třeba tvojeho profilu v document&settings, pomocí: http://www.microsoft.com/technet/sysinternals/FileA ndDisk/du.mspx , výsledky ti může připisovat někam do logu.
taky by šlo dát na tvém adresáři pravým myšem - vlastnosti - a spočítá se ti velikost. tu si někam do bločku zapíšeš.