nastavení je např. ve větvích registrů - to jsou soubory ntuser.dat v profilech uživatelů.
nebo systémové větve v: C:\WINDOWS\system32\config
nebo jsou v různých .ini/cfg souborech aplikace - ať už v jejím adresáři, nebo v profilu uživatele, nebo (nedejbože totalcmd) v adresáři c:\windows.

čili s imagem systémového oddílu zkopíruješ i nastavení.