spíše než suboptimální USB flash bych ti doporučil koupit rovnou klasické 32/64GB SSD, vyjde to už docela cenově rozumně a hlavně je to stavěno na 24/7 provoz s kontinuálním zápisem (nebo řečeno jinak, objem zapsaných dat jde do terabajtů).

V druhé rovině se koukni, co se ti tam dokola zapisuje, vypni swap, atp., dost často to jde zásadním způsobem zredukovat.

viz: https://wiki.debian.org/SSDOptimization