Stačí si číst co ti prohlížeč píše...
Používám IE 7 a když jdu na stránku se zabezpečením certifikátu, tak mi to napíše toto: Existuje problém s certifikátem zabezpečení tohoto webu. Navigace je blokována.
Na stránce "problém s certifikátem" dej "Pokračovat na tento web (nedoporučeno)". Je to to stejné, jako jsi dřív klikal na hlášku "Ano" u self-signed certifikátu - není v tom rozdíl.
Co se týče popup oken, povol všechna popup okna pro tento server jakmile se poprvé zobrazí informační panel "Bylo zablokováno vyskakovací okno". Jestli pak něco dělá problémy může souviset s detekcí popup blockeru v této web aplikaci (browser check či co to tam je; nezapome%n že aplikace nemusí být podporována v IE 7 - kontaktuj jejího administrátora).