importovat můžeš do libovolného databázového stroje, tj. Access, MSSQL, MySQL apod. (edit: vhodnost volby databázového stroje závisí na způsobu užití databáze)
popis polí tabulek je zde: https://developers.google.com/transit/gtfs/referen ce včetně určení primárních klíčů.
Pokud máš jen jeden GTFS set (6 tabulek), je to triviální, stačí naimportovat, vytvořit joiny a můžeš si s tím dělat co potřebuješ.
edit: samozřejmě je vhodné si doplnit pomocné tabulky, které ti budou nahrazovat "nečitelné" hodnoty za lidsky čitelné řetězce.