Pozri si hocijaký MVC (model-view-controller) framework v PHP, napr. Zend Framework.

Typicky to funguje tak, že všetky požiadavky idú na front controller, ktorý podľa URL zvolí akciu controllera (to sa volá routing). Samotný controller je PHP trieda a akciou je jeho metóda. Controller spraví čo treba (načíta údaje z databázy, spracuje POST, etc.) a na koniec vráti nejaký view, do ktorého pošle dáta v parametroch. Viewom je HTML šablóna.

Takže logiku máš v modeli a controlleroch a výzor (HTML) máš oddelený vo viewoch.

Implementačne to vyzerá tak, že máš index.php (to je ten front controller), ktorý rozparsuje URL adresu. Podľa routovacích pravidiel určí, ktorá časť je controller, aká je akcia a čo sú parametre. Pomocou autoloadu inštancuje controller a zavolá jeho akciu. Podľa návratovej hodnoty akcie controllera vyrenderuje výsledok.