Jazyk C - fgets spouští další příkazový řádek

Čus, mám jeden problém, ale netuším, jestli můj popis bude stačit na řešení.
Sepsal jsem nějaký Cčkový kód v Code::Blocks a když ho spouštím přes příkazový řádek, tak mi otevře další okno příkazového řádku, které musím vypnout přes Ctrl+C. Pak se objeví správný výpis na původním příkazovém řádku.
Zkoušel jsem do nově tevřeného příkazového řádku psát nějaký text, enterovat atp., ale nic nezmění výsledný výpis.
Zkoušel jsem to testovat přes printf("asdf"). Pokud printf dám před fgets, tak mi se mi daný text "asdf" zobrazí i na nově otevřením příkazovém řádku i na původním. Pokud dám printf až za fgets, tak se "asdf" zobrazí jen na původním příkazovém řádku, z řehož jsem vyvodil, že problém je asi ve fgets nebo v pc, ale netuším proč.
Přesně je to

char buffer[1024];
...
while (fgets(buffer, 1024, stdin) != NULL)
...

Tuto podmínku s fgets s přesně stejnýma parametrama jsem používál víckrát v jiných programech a problém v tom není.
Další příkazový řádek mi to otevírá na Windows 8.1, na Ubuntu s tím není problém, na jiném pc s Windows 8.1 s tím taky není problém a další příkazový řádek to neotevře.