Pokud to vypisuješ do konzolového okna, vypisuje se ti to v kódování LATIN II. Soubor, který čteš je zřejmě v kódování CP1250. Aby se ti správně znaky zobrazily, musíš je před zobrazením převést (API AnsiToOem)
Tady si muzes neco precist:
http://stackoverflow.com/questions/4882031/display ing-extended-ascii-characters