Pokud odstraní pomocí cleanmgr.exe záložní soubory s aktualizacemi ServicePack znamená to že se mi všechny aktualizace odinstalují a budu muset znova instalovat odstraně aktualizace přes windows update ?

Ne. Odstraní se záložní soubory, které každá aktualizace vytváří před svou instalací a které se použijí v případě, že tuto aktualizaci odinstaluješ. Po odstranění těchto záložních souborů aktualizace zůstanou nainstalovány, ale už je nebude možné odinstalovat (což vlastně ničemu nevadí).

Nemůžu od MS čističem disku cleanmgr.exe smazat něco co by narušilo funkčnost stabilitu systému ?

Ne. MS sice dokáže leccos zmrvit (např. Průzkumník), ale aby si sám pod sebou podřezal větev, takoví blbci zase v MS fakt nejsou.

Umí Total Commander free verze přeskočit soubory které některé programy využívají při mazání ve složce Temp a co vše může obsahuje složka Temp ?

Ano, umí.
Složka temp - jak už název napovídá - obsahuje dočasné soubory, které si běžící procesy vytváří pro své potřeby a které po sobě zapomenou smáznout (nebo je schválně nesmáznou). Malý příklad, co vše si může vytvářet Word: http://support.microsoft.com/kb/211632/cs

Jak zjistím jestli mám zapnutou defragmentaci běžící na pozadí pokud je zapnuta spouští se při startu pc ?
Nerad aby mi zpomalovala spouštění pc. Jaký je rozdíl v tom když budu dělat defragmentaci ručně a zapnu službu defragmentace jen když ji budu potřebovat použít defragmentační program jednou za čas ?

Zjistíš to tak, že se podíváš do Plánovače úloh (http://technet.microsoft.com/cs-cz/library/cc72193 1.aspx), zda obsahuje úlohu s názvem "ScheduledDefrag" (pokud ji neuvidíš na úvodní obrazovce, proklikej se stromem do Knihovna Plánovače úloh -> Windows -> Defrag). Tohle je jen položka v registru, nezpomaluje start PC. Nestartuje služba defragmentace jako taková, ale pouze služba plánovače úloh, která - pokud nastane čas aktivace a PC není používán - tuto defragmentaci pustí. Ruční defragmentace je podle mě nesmysl, musíš na to prostě pořád myslet. Automatická defragmentace právě funguje pouze tehdy, když se na PC nic neděje (např. odběhneš se nasvačit). Jakile něco začneš dělat, automatická defragmentace se přeruší.