Máš to (ptám se pro jistotu) nastaveno v Nástroje - Možnosti - karta Obecné?
Jinak - to upozorňování funguje jen na e-maily, které jsou ve schránce jako "nepřečtené".
Pokud si takový e-mail ve schránce prohlídneš, TB ho už neohlašuje jako novou zprávu.