Záleží, co chceš zálohovat? Operační systém? Nebo data?
Na zálohu OS je dobrý např. Acronis True Image, na zálohu souborů existuje spousta programů. Nebo lze zálohovat ručně případně si napsat nějakou dávku, podle objemu a struktury dat.
Vhodné je mít rozdělený disk na systémovou část C: a datovou část D:.