Ano, dva Internet Explorery má každý s 64-bitovým systémem.
V "Program Files (x86)" je 32-bitová verze IE.
V "Program Files" je 64-bitová verze IE.
Internet Explorer nejde odinstalovat, jeho renderovací jádro je v podstatě součástí systému Windows. Můžeš ho maximálně vypnout.
Už jsi se díval na naplánované úlohy, jestli se Ti IE nespouští tam?

A mimochodem - proč jsi zakládal nové vlákno a nepokračoval zde?