Ne ke všem složkám máš přístup. Ty nepřístupné se ti nezapočítají.
Pokud chceš čistit, pak použij systémový nástroj vyčištění disku (včetně systémových souborů). Na Windows Vista a novějších můžeš bez obav zaškrtnout vše.
Jinak už jsem se s něčím podobným setkal a stovky GB zabíral LOG od HP - nějaký tiskový ovladač, který prostě neustále narůstal a narůstal.