Jaký máte OS?
Taky jsem s něčím podobným bojoval, možná to bylo stejné. Dáte něco stahovat, zavřete původní okno. Pak je otevřený jen správce stahování a nejde otevřít nové okno? Ono to jde - pravým se klikne na ikonu IE na hlavním panelu a vybere se "otevřít novou záložku" a normálně se funguje.
Win 7.