Máš dvě varianty:

1. steamovou aplikaci spustit z BAT souboru a po jejím ukončení normálně dokončit BAT a zazálohovat
2. ponechat BAT jako naplánovanou úlohu a problém vyřešit smyčkou ve které se bude 300x pingat loopback (tj. adresa 127.0.0.1) (to je pauza cca 5 minut) a následně se otestuje, zda běží steam.exe. Pokud ne, smyčka se ukončí a provede se záloha dat a ukončení BAT skriptu.

edit: symbolicky je to zapsáno takto:

:START
ping -n 300 127.0.0.1
tasklist | find steam.exe
if errorlevel = 0 goto START
copy file.cfg backup.cfg