Otevřu IDE pro Arduino, napíšu sketch, uploadnu do desky. Avrdude to používá jaksi samo Deska je Arduino Mega2560 R3.

edit:// nevím jaký hex se nahrává, ten vznikne až po požadavku na upload. Já píšu normální texťák v Arduino IDE. Pak dám Upload, ono to zkompiluje, zavolá Avrdude s nějakýma parametrama a ten to pošle do desky.