důvod je jednoduchý, ba co dím až primitivní:
systémový oddíl je ideální zálohovat (imagovat) celý dohromady - proto má obsahovat to nejnutnější spolu související = systém + aplikace + čisté profily uživatelů.
na datovém disku mohou být gigabajty dat, ktré může uživatel zálohovat libovolnou metodou, ale rozhodně ne se systémem.

jak toto souvisí s win98, který měl nároky na systém o několik řádů jinde, o uživatelských profilech se mu jen zdálo, a hlavně jak to souvisí s dnešním tazatelovým dotazem, to teda nevím.