Máš nastavený min_prefix_len na 3, takže pre "So" to nič nenájde, lebo to má len dva znaky. Pre "Sou" by to ale už niečo malo nájsť. Z tých výsledkov to vyzerá tak, ako keby si mal nastavené min_prefix_len na 4 - nemenil si náhodou toto nastavenie a nezabudol si potom prebuildiť index?

Rozdiel v počte záznamov môže byť spôsobený tým, že záznam bol v databáze aktualizovaný po tom, ako bol zaindexovaný.

P.S.: Sphinx som nepoužíval, vychádzam z dokumentácie.