Počet položiek sa práve nemusel meniť - stačí, že tam bol nejaký UPDATE, pred ktorým ten riadok ešte neobsahoval slovo Soutěž.

Máš aktuálnu verziu Sphinx-u? Vyskúšal si ho reštartovať? Ináč to, čo robíš, by malo podľa dokumentácie stačiť. Nie je tam nejaký log súbor, v ktorom by mohlo byť niečo zaujímavé?