Když v Msconfigu vypneš všechny položky Po spuštění, tak se nic nestane/nepoškodí. Pokud ti bude něco chybět, tak není problém to tam znovu zapnout. Dost často se od tama spouští všelijaký updatery a rezidentní programy, který nepotřebuješ, např. různej balast od tiskárny, nebo updaty každýho druhýho softwaru.