a proč proboha šaháš na framerate (která souvisí s videem)? A je uplně jedno co je avi a mkv. Kdesi - to neuhádne ani věštecká koule.
Nepáral bych se s tím, ve ffmpeg bych to udělal přímou cestou:
jako ffmpeg -i videoaudiosoubor.flv -i druhastopa.mkv -map 0:a -map 0:v -map 1:a -c copy vystup.mkv

polopatě zde
https://zoid.cc/12/12/ffmpeg-audio-video/

Kdyby se vyskytly problémy se synchronizací, zjistit charakter (konstantní posun nebo něco horšího)- se uvidí dále