Volanie session_start nastavuje cookie v prípade, že ešte nebol nastavený (cookie sa posiela v HTTP hlavičke). Takže keď si vymažeš cookie, tak ti to prestane fungovať s rovnakou chybovou hláškou ako predtým (bude tam iné číslo riadku).

Ten spôsob delenia je divný a je to príčina problému, na ktorý si narazil. Na rozdeľovanie kódu sa používajú triedy/funkcie, prípadne require/include.