Nevím z hlavy jaký SMART přesně myslíš, ale na tom CD je někde program smart partition recovery a víc dalších programů pro obnovu. A nedostaneš se ani na ten druhý oddíl?

Edit: Když nabootuješ instalačku WIN, ukážou se ti tam dva odíly? Pokud ano, stačí smazat jen C, vytvořit nový a nainstalovat Win. Data na D ti zůstanou.