To znamena, ze Explorer nechybi, pouze neni nastaven jako vychozi shell. Mozna jsi testoval nejaky alternativni desktop, mozna se zkusil nejaky malware dostat ke spousteni tak, ze se spusti misto Explorer a pak sam nasledne spusti explorer.exe a uzivatel nic nepozna.

Tohle by ti melo pomoct:
http://www.rarst.net/software/blank-desktop/
Jedna se o ten zapis do registru:

HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Shell