To už nevím, napsal jsme kamarádovi, který mi pomohl se správným řešením, tady je (pro budoucí návštěvníky):

					if (isset($_POST['go_allergens'])) {
						$allergen = $_POST['allergens'];
						$id = $_POST['id'];
						$allergens = explode(",", $allergen);
						$allergens1 = array();
						for ($i=0; $i < count($allergens); $i++) { 
							echo "alergeny jsou:".$allergens[$i]."<br>";
							$number = $allergens[$i];
							$dotaz = mysql_query("SELECT `allergen` FROM `allergens` WHERE `number` = '$number'");
							while ($vypis = mysql_fetch_assoc($dotaz)) {
								$allergens1[] = $vypis['allergen'];
							}
						}
						echo "Alergeny jsou:<br>";
						for ($i=0; $i <= count($allergens1); $i++) { 
							echo $allergens1[$i]."<br>";
						}
						print_r($allergens1);
						$allergensString = implode("\n", $allergens1);
						echo '
						    <script type="text/javascript">
						        window.onload = function(){
						            var vypis = ' . json_encode($allergensString) . ';
						            alert(vypis);
						        }
						    </script>
						';
					}