Relační databáze a stromová struktura - to opravdu není vhodná kombinace. Nicméně i to se dá - zkus prostudovat něco z tohoto (sám s tím zkušenosti nemám):
Metody ukládání stromových dat v relačních databázích
Stromová struktura v SQL
Tree in SQL database: The Nested Set Model
... a řada dalších...